Alguien que trabaja en la burocracia parece que le debe lealtad, necesariamente, al estado para el que trabaja ya que es el que configura el espacio social en el que vive y, sin el cual, este no existiría. Sin embargo, cuando este Leviathan se levanta insaciable de la sangre de sus progenitores, ¿cual es el lugar del sujeto, factible víctima y verdugo de su posición privilegiada? Para algunos sólo quedaría aceptar órdenes pero, el auténtico hombre de principios, aceptará la inevitabilidad de proteger lo que es realmente importante: sus conciudadanos. Este sería un buen punto de partida para comenzar a hablar de Alpha Protocol.
El agente Michael Thorton es el nuevo agente destacado en Alpha Protocol que, para su primera misión, se tendrá que encargar de un atentado terrorista en Arabia Saudí perpetrado por Al-Samad. Cuando la misión acabe y todo haya salido mal para nuestro héroe, comenzará un auténtico tour de force para parar el lento e inexorable masticar del monstruo que acaba de iniciar su marcha contra el mundo y contra él mismo. El viaje entre Moscu, Roma y Taiwan nos llevará de misión en misión para intentar parar esta locura. Para ello podremos elegir nuestro estilo ‑lucha con armas de fuego, uso de toda clase de gadgets o el clásico sigilo- para intentar llevar a buen puerto nuestra misión pero la mejor arma es la habilidad natural de Thorton para la manipulación. Entre dilatadas conversaciones con potenciales aliados o rivales su opinión sobre nosotros irá cambiando según les demos respuestas que elegiremos en un menú contextual en un límite de tiempo pudiendo actuar de un modo jocoso, profesional o iracundo. Nuestra aventura irá determinándose así en los caminos que decidamos transitar entre las conversaciones precedentes, a quienes decidimos ejecutar o dejar vivir o por donde empezar nuestra investigación. Cada acción en Alpha Protocol tiene una consecuencia.